La conformación del Tribunal Supremo Electoral de la Universidad de Cuenca y el manejo de fondos estudiantiles son cuestionados por representantes universitarios. Una acción de protección plantea presuntas irregularidades en la integración del organismo electoral, entre ellas que tres de sus cinco miembros responderían a la línea política de la dirigencia estudiantil. A esto se suma el cuestionamiento por la transferencia de aproximadamente 800 dólares de aportes estudiantiles a una cuenta personal de la expresidenta de la FEUE en agosto de 2024, sobre cuyo destino, según los denunciantes, no se ha presentado una rendición pública de cuentas.